O caos no trânsito em São Paulo pode ser explicado pela falta de investimento da prefeitura no transporte coletivo. Em parte por causa da precariedade do sistema público de transporte, a cada dia aumenta a quantidade de carros particulares em circulação na cidade. Desde 2005 os investimentos da prefeitura no setor de transporte público diminuíram significativamente e a qualidade dos serviços piorou.

Em relação ao conforto dos usuários a situação também ficou pior. Os ônibus que estão entrando em operação têm menos lugares sentados. Isto significa um aumento do número de passageiros em pé e, consequentemente, um maior faturamento para as empresas do setor. E isso ocorre especialmente com os veículos que atendem os bairros da periferia da cidade.

Foi no setor de transportes da cidade de São Paulo que o governo petista de Marta Suplicy empreendeu uma das suas maiores realizações. No período de 2001 a 2004 os investimentos da prefeitura possibilitaram a construção e reforma de corredores exclusivos de ônibus e a inauguração de novos terminais de passageiros. Por causa disso é que o setor de transporte público foi um dos mais bem avaliados do governo petista de Marta Suplicy.

Durante a gestão do atual deputado federal Jilmar Tatto na secretaria de transportes as vans foram tiradas da clandestinidade e passaram a funcionar através de cooperativas. A reorganização do sistema de transportes da cidade fez com que os veículos passassem a circular com menos intervalos e, por conseqüência, mais vazios, o que significou mais conforto para os usuários.

Por decisão política da prefeita Marta Suplicy, uma nova licitação do sistema de transportes obrigou as empresas a uma renovação mais permanente da frota, com a entrada em circulação de milhares de veículos zero quilômetro, entre ônibus, micro-ônibus e mini-ônibus.

Em 2001 entraram em circulação 1617 carros novos; em 2002 outros 1030; e em 2003 mais 2978 veículos novos começaram a circular na cidade. Em 2003 foram inaugurados o Corredor Pirituba-Lapa-Centro, e os terminais Pirituba, Lapa, Parelheiros e Jardim Ângela e Amaral Gurgel. Esses terminais, mais o Santo Amaro, João Dias, Bandeira, Capelinha e Cidade Tiradentes passaram a operar com o Sistema Inteligente.

No ano de 2004 foram construídos quatro corredores de ônibus com faixas exclusivas: Jardim Ângela - Guarapiranga - Santo Amaro; Capelinha - Ibirapuera - Santa Cruz; Parelheiros - Rio Bonito - Santo Amaro; e Campo Limpo - Rebouças - Centro e cinco novos terminais (Grajaú, Guarapiranga, Jardim Britânia,Parelheiros e Varginha). Outros três corredores foram reformados:
Inajar - Rio Branco - Centro; Santo Amaro - Nove de Julho - Centro; e Itapecerica - João Dias - Centro.

Também em 2004 ocorreu a implantação do Bilhete Único, que permitia ao usuário do transporte público realizar várias viagens pagando somente o valor de uma passagem pelo período de duas horas. Na gestão de José Serra na prefeitura, foi estabelecido o limite de quatro viagens nas duas horas de vigência da mesma passagem.

A CET - Companhia de Engenharia de Tráfego, responsável por organizar o trânsito da cidade, também sofre os efeitos do descaso da prefeitura no setor. Mais da metade das câmeras de monitoramento das vias da cidade não estão funcionando e cerca de 10% operam de forma parcial. Muitos semáforos eletromecânicos ultrapassados ainda estão em funcionamento e 20% dos semáforos inteligentes não conseguem fazer o ajuste de operação de acordo com o fluxo.